港口运输业的经营，也是港口企业重要经营活动之一。港口运输业的经营包括水路航运、公路运输和铁路运输等方面的经营活动。
        首先，水路航运业的经营是港口企业利用其特有的优势，进行兼营的首选项目，港口企业的水路航运经营活动包括为港内运输和出港运输两方面内容。港内水上运输主要是进行大船至小船或者相反的过驳作业运输和为港内临水企业提供的短距离运输服务，而出港运输则是港口企业利用自己的富余运力所进行的长途运输经营活动。随着市场经济的确立和发展，港口企业综合经营水路航运，应是港口企业谋求生存发展的重要途径之一。 
        公路运输业是港口企业进行综合经营的优势项目。凡是与港口集并与疏散有关的地方物资均可能成为港口公路运输的对策。港口企业进行公路运输有双重意义。一是可以提高港口企业为货主服务的质量，促进货源增加；二是公路运输的本身可以提高企业的经营效益。例如在集装箱运输上，开展门到门运输手在腹地范围内设立集装箱转运站，是港口企业竞争的重要手段之一。 
        铁路运输是港口装卸货物重要的集并途径，有条件的港口企业同时也可以经营铁路运输，如我国的秦皇岛港，自备列车就参加了山西煤炭至该港的运输业务，既保证了该港的煤炭出口需要，也增加了企业的经济效益。随着现代企业制度的建立和铁路运输体制的改革，从事综合运输的港口企业集团在我国将有可能涌现。